黄宗羲的政治理想主要集中在《明夷待访录》一书中，在中国古代，敢于骂皇帝不少，最知名的莫过于海瑞的那一份第下第一疏。而黄宗羲的最大成就就在于，他并非把予头对准历史上的某一位皇帝，而是从民本的立场来抨击整个君主制度。
有学者认为黄宗羲的思想仍属治权在君，并没有到达近代民主思想的标准，也有学者认为黄宗羲的思想是近代民主思想，在民权理论上还超越了欧洲的卢梭。但无论是那一点，在中国己经维持了数千年的君主制度社会中，能够提出“天下为主，君为客”的观念来，也是极其难能可贵的。
商毅在南京的时候，和黄宗羲到是见过一面，但两人并没有什么交流。黄宗羲只把商毅当做一般的武将存在，而商毅也不想和东林党多拉上关系。
商毅两次上报到南京的山东捷报，给南京朝廷造成了不小麻烦，因为现在南明朝廷中，无论是东林党还是马党都己经取得了一致的意见，决意与清军议和。因此以马士英为首的一批官员但心商毅的行动会激怒清军，而拒绝与南京朝廷和谈。而吴甡却认为商家军在山东取得的胜利，可以让清军认识到南京朝廷还是有相当的实力，不可轻易战胜，对议和是有帮助的。
虽然两派的观点各