州府地区内成立，杭州府下有九个县，商毅计划先毎个县成立一到两个中学，而在杭州城里成立二到三个中学，然后再逐渐向其他地区普及开。这一方面是因为小学还没普及，另一方面也是因为教授中学知识的教员缺乏，因此只能慢慢扩大。
而在大学方面，商家军的军校这时己经正式成立了，校址就设在凤凰山西边，正式名称为浙江凤凰军事学院，这也算是商毅建立的第一所大学。
不过由于中、小学的系统还没有建立起来，因此军校招收的对像足十四到十八岁，只要有一定的文字基础和简单算术能力的青少年，主要开设有步兵、炮兵、海兵三个大类专业，下设十八个学科，正式学期为四年。实行的是住校制，全封闭管理。同时军校还开设了为期一年的预备班，这是为那些达到年龄，但知识不足的学生进行强化培训。另外还开设了为两年、一年、半年的中短期陪训班，主要是针对现役军人的深造教育。
目前军校现有正式学生两千多人，预备班学员八百余人，临时陪训学生三百余人。学员大部份是商家军的子弟，当然也有相当一部份是冲着商家军的名气，来报名入学的浙江地区的青少年。由其是在青州大捷的消息传到杭州之后，也引发了一个报名的小高潮。