而对其他抵抗清军的武装力量，将以团结为主，尽可能和他们处理好关系，携手合作，甚致还可以给予其一定后支持，共同抵抗清军。但合作关纟也并非全无原则，商毅经过了认真思考，制定了三条原则：
一是合作原则，即双方以平等身份，没有上下从属关系，共同合作抵抗清军。对这样武装力量，商家军主要以情报消息同享为主，也可以配合其作战，但双方各守自己的地盘，基本互不干涉，主要的战斗还是以自己为主，不可与其合作太深，并且对他们保持一定的警惕性，要预防对方突然投降清军。如果对方需要武器、物资，在一般情况下，都要支付一定的报酬。
二是依附原则，即对方依附于商家军，保持自己力量的整体性和独立性的情况下，听从商家军的命令调派，但不接受商家军的人事安排和对军队的重新整编。对这样的武装力量，在确保对方能服从命令和较好的完成作战任务的前提下，可以给予必要的物资支持和一定的武器支持，但也要对其有所预防，不能完全绝对信任。同时可以通过帮助他们训练指导等手段，拉陇分化对方的基层士兵，使其逐步完全倒向商家军的一方来。
三是完全归降，对这样的武装力量，将按目前商家军的招兵训练考核标准，