天启皇帝，却是东林党当初费尽心机，才被推上皇位的。当时的东林党人恐怕没有想到，被自己拥立上位的，却是自己的掘墓人吧。
因此到了后世也有“明虽亡于内待，但实亡于东林”的说法，不过商毅到认为这一说法不太靠谱，到不是说屈枉了东林党，而是实在高估了东林党的能量。别看东林党在明末的几十年里闹得风声水响，也出过不少大臣，仿佛一直左右着政局，但真正由东林党执掌朝政的时间，其实只有五六年，而且还被分裂成三四段时间。
在另一时空里，有很长一段时间里，都把南明的南京朝廷灭亡的责任推到马士英身上，认为是马士英当权，排挤了东林党，才导致南京朝廷只坚守了短短一年的时间，但实际上，东林党才要对南京朝廷的短命付主要责任。因此要说南明的南京朝廷是被东林党整跨的，到是更正确一些。
东林党从一开始拥立新君的时候，因为自己的私心和短视，犯下了严重的错误，才让马士英和江淮四将取得了拥立之功。而东林党又不甘心承认失败，从南京朝廷成立之后，不仅没有提出多少有益的建议，做多少有用的工住。反而是处处和马士英针锋相对，凡事马士英提出的主张，就坚决反对，凡事马士英支持的，就一概否认，而无论是好是