己和周少桓带一个火枪营、二个侦察连和两个新兵营去占领州府衙门，剩余的一个火枪兵营和一个长枪兵营都分散成以连为单位，立刻在城中去制止叛军的暴行，将他们全部都抓到州衙来，敢反抗者一率格杀匆论。
商毅领军赶到了杭州的府衙门，这里早己以人去楼空，商家军毫不费力就打开了府衙的大门，占领了府衙。随后商毅又分派三个新兵营，分头去攻占杭州城的各个城门，不许进出。
杭州曾经是宋朝南渡之后的都城，在南宋时期，共有十三座旱门，五座水门。而南宋灭亡之后，元、明以来，杭州城已固定为十个城门。分别为东有庆春门、清泰门、望江门，南有候潮门、凤山门，西为钱塘门、清波门、涌金门，北为武林门、艮山门。都要分派兵力把守。每个城门分派一个连把守，剩下的三个连则留在府衙，准备看守俘虏。
这时叛军正在城中肆意施暴，但很快就发现，街头巷尾，出现了一队队衣甲鲜明整齐的军队，有人首先喊，命令他们放下兵器，立刻束手就擒。
叛兵当然不甘心就这么缚绑，但对方也不多和他们废话，喊了两遍不见他们有所行动，就立刻举枪射击。枪声响过之后，叛军们顿时纷纷倒地毙命，而其他的叛兵见势不妙，马上四处逃