过他的人马在长江以南，不敢冒险再渡江向北，因此只能向南逃窜。于是张献忠一面下令孙可望和刘文秀，让他们两人押运着抢到的钱粮物资，先从武昌府转移到大治县，自己随后领军撤退，准备向安徽江西地区发展，如果有机会，还可能攻打南京。并在撤退之后，在武昌城内四处放火，将全城焚之一炉。然后又令艾奇能领两万人马断后。
等商毅率领人马渡过了长江，赶到了武昌府的时候，只见四门大开，全城都以经燃烧了起来，城中到处都是火光，红焰耀眼，热浪逼人，浓烟密布，而百姓丧生于火海之中的，不计其数，哭号之声，不绝于耳，如同修罗地狱一般，惨不忍睹。
商毅见状，虽然又惊又怒，但也无计可施，也只好下令，三团在城外警严，自已指挥五团和辅兵进城救火，能抢救多少，就先抢救多少再说。
好在是商家军来得还算极时，而且武昌城的地域也不小，除去几个点火的中心区域以外，有许多地方虽然以经起了火，但火势还没有燃烧起来。如杲极时扑灭，还是能够抢救出一些地方的。而在武昌城中，还留有不少百姓，见有军队来帮着救火，也都纷纷行动起来。而商家军见百姓都聚集出来，也主动站出来指挥。
在有了商家军的指挥之后