三、传教士有义务向商毅管辖区的各种学院的学生、士兵、工人教授指定的知识，帮助工厂提高生产技术水平，并且帮助商毅收集翻译指定的书籍，到澳门、马尼拉等地雇佣所需的欧州技术工人，及完成商毅指令完成的其他任务，但不得在此其间趁机传教，拉陇教徒。
四、商毅会视传教士完成工作的大小，给予传教士合理的报酬。但报酬的支付形式，可以用多种形式来表示，在事先由双方协商而定。
五、如果传教士在商毅管辖区在违法行为，商毅将有权根据《大明例律》，对传教士实行处罚，教会无权干涉。
五条协议是商毅经过细仔的思考后拟定出来，基本照顾到了双方的利益。而且在目前的条件下，汤若望也不可能要求过高，就是龙华民看了，也提不出其他的异议来。只是加上一条，在商毅的管辖区，禁止除天主教耶稣教会以外的其他教会传教，而且将随着商毅管辖区的改变，依然生效。
因为天主教内部也分了许多大小教会，在中国活动的传教士其本都是耶稣教会，但在东南亚一些地方，也有其他教会。汤若望显然不希望其他教会来中国分一杯羹。
商毅听了，也不禁道：“我们中国有一句老话，叫‘有人的地方就有江湖