虽然不是曾化龙为他请的山东总兵，但山东都司都指挥同知，也不是小官。都指挥使司，简称都司。掌一方军政，统率其所辖卫所，属五军都督府而听从兵部调令。与布政使司、提刑按察使司合称三司，分掌地方军政、民政、刑狱。山东都司录属于左军都督府管辖。
都指挥使司的最高长官为都指挥使，正二品。下设有都指挥同知二人，从二品，都指挥佥事四人，正三品。通常以都指挥使统司事，两名都指挥同知一人管练兵，一人管屯田。商毅出任的指挥同知自然就是管练兵的。虽然到了明未，卫所系统受到了极大的破坏，实际以经名存实亡了，卫所官员其本成了虚衔，但商毅是从一个小小千总一跃而至从二品武将，也算是一步登天了。
明朝的武将纟统除了卫所体纟之外，还有一个是驻守体系，依次的官职为总兵、副将、参将、游击、都司、守备、操守、千总、把总等，除总兵之外，其他无定员也无固定品级。这样算来，商毅是从千总直接升到了参将，还是连升了五级。而且现在也可以名正言顺的被别人尊称一声将军了。可以说比坐了火箭还快。不过以商毅所立的功劳来看，这样的晋升到也并不过份。
而山东总督只有在崇祯六年，山东叛乱时才设立过，此后