，一直以来都被认为是袁世凯下的手。也有人说是赵秉钧在袁世凯默许的情况下下的手。因为从青帮头目应夔丞，到动手的刺客武士英这一条线来看，最后牵扯到袁世凯是顺理成章的。可是，顺着这条线，还能牵出另一个人来，那就是陈英士。
宋教仁与党魁孙中山之间不愿合作却又不得不阳奉阴违、架空虚置地进行合作的内心分裂，可以一直追溯到1907年2月28日。他在当天日记中介绍说，黄兴因为不同意孙中山把陆皓东生前所设计的青天白日旗充当未来的新国旗，两人之间发生激烈冲突。这场冲突的更加内在的原因，其实是孙中山“素日不能开诚布公、虚心坦怀以待人，作事近于专制跋扈，有令人难堪处故也”。
在日本外务省政务局跟踪宋教仁的秘密档案中，保存有宋教仁对于孙中山更加激烈也更加彻底的否定意见。1908年11月23日，宋教仁表示说：“像孙逸仙那样的野心家做领导人，中国革命要达目的，无论如何也是不可能的。我们相信，在真正的大首领出现之前，努力钻研有关的政治的书籍是得体的。”
随后在评论《每日新闻》所刊登日本著名经济学家根津一的东亚同文会演说时，宋教仁进一步表示，无论是孙中山的势力还是康有为的势力，