从前一样。不久侯君集和其他一些功臣在凌烟阁上被画功臣像一起进行了表彰。
这个时候李承乾立为东宫太子，担心有朝一日被废而地位不保，又知道侯君集对朝廷心怀不满，于是就和他勾结起来一块谋反。侯君集的女婿贺兰楚石当时做东宫千牛，李承乾让他多次带侯君集进入东宫，向他咨询如何自保的办法。
侯君集认为李承乾劣弱，想要乘机谋反，于是就帮助李承乾暗中图谋不轨，曾经举着手对李承乾说：“这是双好手，应当被您使用。”
等到李承乾谋反之事败露，侯君集也被拘捕，贺兰楚石又到朝廷告知此事。太宗亲自审问说：“我不想让那些办案的文吏来侮辱你，所以我亲自审问你。”侯君集无言答对。
太宗对侯君集说：“和你永别了，从今以后，只能看到你的遗像了!”因此哽咽落泪。于是在十字路口杀了他，查抄了他的家产。
侯君集临刑的时候，颜色不改，对监刑将军说：“我侯君集难道是反叛的人吗?只是失误受挫到了这个地步!然而，我曾经做过将领，灭了两个国家，也还有点小功劳。请替我向陛下求情，请陛下能为我留下一个儿子，将来能为我守孝扫扫墓，上上坟吧。”
因此皇帝特赦他的妻子