后，开始认真读书，后来他还担任吏部尚书主持典选，工作比较出色，得到舆论的好评。
侯君集在贞观时期参与了两次较大规模的战争。第一次是贞观九年由李靖总指挥的灭吐谷浑之战。他在此次战争中担任一支方面军的指挥官——积石道行军总管。
战争初期，由于吐谷浑可汗慕容伏允实施坚壁清野的防御政策，致使数道唐军因补给不济而退保鄯州。这时，鄯州道行军总管任城王李道宗提出：“柏海近河源，古未有至者。伏允西走，未知其在，方马癯粮乏，难远入，不如按军鄯州，须马壮更图之。”
李道宗很谨慎，认为敌军逃到大河源头一带，而且又不知敌军具体位置，自己所带的粮草又不足。主张撤军，等以后做好准备再提兵杀来。
侯君集以为不妥，他认为：“王师已至，而贼不走险，天赞我也。若以精兵掩不备，彼不我虞，必有大利。若遁岨山谷，克之实难。”主张趁敌人未注意以精兵追击。这个提议得到主帅李靖的支持。
果然，李道宗很快追上了伏允，大败之。后来李靖兵分二路，侯君集和李道宗负责南线战场。
“君集、道宗行空荒二千里，盛夏降霜，乏水草，士糜冰，马秣雪。阅月，次星宿川，达柏海