中杀到李密那里，护着李密一路冲杀，于是瓦岗军心复振，打败了宇文化及率领的杨广那里叛变的御林军。
李密失败后，秦琼等人投降王世充，因不满王的为人，于619年同程知节等人一起投唐，被分配到秦王李世民帐下。参加了李世民的历次征战，每战必先，常于万军之中取敌将首级。626年，未参与玄武门之变，但事后被封为左武卫大将军。
秦琼晚年因青年时期历次作战负伤太多而疾病缠身，常对人说：“少长戎马，所经二百余阵，屡中重创。计吾前后出血亦数斛矣，安得不病乎？”
秦琼最威猛的一战是唐夏虎牢之战，这一战他的表现比关羽在白马斩颜良还要耀眼，可以说是无人能攀比。
当时唐军主力进攻洛阳，王世充困守洛阳，弹尽粮绝。只能向称霸河北的窦建德求援，窦建德自然知道唇亡齿寒的道理，带十万大军渡过大河，杀赴洛阳。
为阻止窦建德军西进，李世民带三千五百玄甲精骑星夜赶赴虎牢，占据天险，以阻挡窦建德大军。
那年五月初二，决战打响，秦琼横枪跃马，从敌军正面一直杀到敌军背面，他手持唐军军旗，又从敌军背面杀到敌军正面，千军万马之中，纵横驰骋，勇不可挡！