唐军，击宇文化及军于魏县。此时李氏宗亲除李渊诸子以外，唯李神通势力最大、任务最重，从李渊将山东一带军事委由李神通处置，可见他对李神通之信赖。
窦建德占据山东后，李神通退保黎阳，后兵败遭掳，却以唐帝血亲的关系被窦建德待以客礼。武德四年，窦建德被击败，李神通被授命为河北道行台尚书左仆射，仍担当抚慰山东的重任。后随秦王李世民讨伐刘黑闼，改迁左武卫大将军。天下平定后，李神通遂少见用。
武德九年，玄武门之变爆发，李神通虽未策划与响应，但他素与李世民相善，事发之前仍与李世民夜饮，并护送李世民返回府邸，应属于支持李世民一派。贞观元年（627年），李神通拜开府仪同三司，赐实封五百户。诸将相不敢论功叙勋于李神通之上，后太宗调降宗室郡王皆为县公时，李神通亦以功勋得以不降，可见李神通的功勋及地位对于李世民节制宗室、功臣有所用处。
李神通在贞观元年封功臣时与李世民争论，以两人的亲密关系这似乎是故意做给众臣看的，当时争功严重，两人合谋是为了平息众论。他被封为五百户，而很多重臣的封邑都不高，大批宗室被取消王爵，降为郡公，李靖当时封四百户。李道宗在平定突厥时有大功，也只是增