随即展开了一场谈判，巴达维亚总督可不知道这个年轻的中国船队司令官，是擅自行动的，于是便请郑森提出条件。
郑森思量之后，于是便贸然提出，令荷兰人撤出巴达维亚，将巴达维亚交给大中朝，并且令荷兰人承认马六甲王国的地位，同时还要将荷兰人夺自葡萄牙人之手的婆罗洲也交出来。
巴达维亚总督无奈之下，只能答应了郑森的要求，但是他提出来，他们可以撤走，但是要求大中朝准许他们在巴达维亚保留一个商馆，作为他们在这一带的商业贸易场所，同时请郑森允许他们修好船之后，再离开这里，否则的话他们是无法乘坐这些被打烂的破船驶回到他们在印度的加勒的。
郑森没想到荷兰人答应的这么痛快，于是当即也答应了荷兰人的请求，准许荷兰人修理船只之后再撤离巴达维亚城。
至此荷兰人的东印度公司，在经历了台湾之战和廖内海战以及巴达维亚港之战之后，公司旗下拥有的四十多条战船，和一百五十多条武装货船，基本上已经损失了一大半，实质上已经濒临破产，早已无力再在南海和大中朝进行对抗了。
而这个时候荷兰人虽然海上实力还很强大，但是荷兰人在这段时间，和英国人之间正在大西洋上争夺霸权，即