之中，一些左右摇摆，抑或是坚决的站在了建奴一边的几个蒙古部落，肖天健也没有忘记他们，一手拉一手打，让蒙古诸部明白，今后谁要是再跟朝廷为敌，也会落得这样的下场。
故此在辽东之战刚一结束，他便下旨令蒙古诸部对这几个部落进行讨伐，并且明令必将其灭族，凡是参与对其征讨的诸部，可以瓜分他们的族人充为奴隶，并且可以瓜分他们所拥有的草场，水源，作为战利品。
时之此时的蒙古诸部，内部早已是四分五裂，不过这些蒙古诸部有一个基本的认知，那即是现如今的中原王朝大中朝，已非当年的大明王朝那么软弱可欺，与之相对抗，只能是死路一条，在这两年之中，他们许多部落配合大中军进剿建奴期间，也都见识过了大中军的厉害，故此对于大中朝，现在他们兴不起一点对抗的念头。
除了这些政策之外，肖天健还着令蒙古诸部，将他们部族之中最好的骑兵送至辽东和西北军区服役，并且抽选诸部之中的少年进入到讲武堂抑或是太学院进行培养，目的只有一个，便是通过这些手段，培养蒙古诸部的这些中坚力量国家意识感，久而久之，待到这些人都认同了国家这个概念之后，蒙古诸部一些人再想搞什么分裂独立，于中央对抗，便会失去支持。