李自成入南京之后，便被押入了大中朝刑部大牢之中，被严密的看管了起来，按照大中朝时下的制度，李自成将会被移交到大理寺进行审判。
李自成身负沉重的脚镣枯坐于牢房之中，关押他的牢房条件并没有像他起初想象的那么阴森可怖，而且这一路上行来，除了没有自由之外，沿途押送他的那些大中军兵将也没有刻意的虐待于他，正常的吃喝基本上保证了他的需要，即便是到了南京城，也没有让他坐囚车带枷游街示众，而是低调的被大中朝的司狱接管过来，装入了一辆大车运送到了刑部大牢之中。
李自成此时早已是万念俱灰，心知已经无法幸免，当初被田见秀率人抓住的时候，他也曾经想过要避免被辱，干脆自杀拉倒，但是大中军对他的看管甚严，几次自杀企图都被看管他的人员发现制止，使得李自成数次自杀未遂。
李自成被移送到西安府之后，发现大中军并未太过为难于他，虽然膳食上比较粗糙，但是也没有刻意的饿着他，故此几次自杀未遂之后，李自成也就不再试图自杀了，只是静候着对他最后的处置。
他很清楚像他这样的人，大中朝是绝不会留下他的性命的，他被杀只是一个时间的问题，而且很可能像当年他舅舅高迎祥那样，被