在肖天健的严令之下，大中军入城之后军纪比较严明，北京城内的各个官府衙门以及皇城都没有遭受太大的破坏，所以部分大臣认为，肖天健完全可以将京师定都在北京城之中，这样好处是随着京师定都北京之后，定会使得北方的经济恢复更快，也可以吸引更多的人口北迁，对于恢复因为战祸和天灾造成人口剧减的北方得以更快的恢复。
但是也有一部分大臣的意见是北京城距离关外太近，容易受到关外蒙古人抑或是建奴的侵扰，另外定都北京，要花费很大，倒不如就定都在南京城之中，而且南京城地处中国中间的位置，可以有效的兼顾到南方，再加南京城周边皆为富庶之地，定都南京可以减少对于北方的漕运负担。
这两种意见已经争论了很长时间，大臣们也各抒己见，为此争论不已，所以眼看着北方局势逐步平定下来，这件事便再一次提了出来。
肖天健也不是没有考虑过这件事，而且他也是比较倾向于定都在北京城，因为一旦大中朝定都北京的话，政治中心注定会北移到北方，这对于北方经济和人口的恢复，无疑会助益良多，而且有助于下一步恢复对辽东乃至是蒙古的统治。
因为地缘的原因，中原政权这几千年来，屡屡遭受到北方游牧民族的入侵