南方诸省官府以及官军闻之立即大乱了起来，临近大中军控制区的江西、贵州、浙江等省随即便放弃了继续跟大中朝为敌，朝南京递降表宣布投降大中朝。
本来肖天健以为，南方的事情应该可以相对比较容易解决了，历史上的南明朝廷很可能不会再出现了，可是让肖天健没有料到的是最终事情并没有像他预料的那样发展。
福建、广东、广西以及云南四省却并未像他想象的那样轻易就放弃了抵抗，归服于大中朝的统治，相反在经过最初的慌乱之后，南方还是在明朝旧吏们的推举之下搞出了南明朝廷，以朱家皇室子嗣继承大明王朝的衣钵，宣布要继续和大中朝对抗下去。
不过让肖天健万没有想到的是，与历史上大为不同的是南方这一次居然同时出现了两个皇帝。
随着临时在南京主持政务的付德明和李进德的一封奏疏，肖天健这才在北京得知，先是广西巡抚翟式耜以及大学士丁魁楚以及两广总督朱治涧等人，在广东肇庆府拥立明神宗之孙朱由榔称帝，改元永历，宣称继承大明王朝，要行复明之举。
可笑的是就在朱由榔在肇庆府称帝的同时，福建巡抚张肯唐以及福建总兵郑芝龙却在福建漳州府，将唐王朱聿键之弟朱聿鐭扶了出