另外肖天健集结兵力北上，无疑也造成了后方的空虚，一些明朝的地方官员和军将，也在肖天健挥师北上之后，开始在南方蠢蠢欲动，试图利用这个天赐之机，重新夺回一些地盘，在四月中旬，肖天健得到留镇南京的石冉的报告，说逃到赣州的方国安，在赣州集结起来了近四万明军，号称十万大军，又开始北上，试图恢复江西失地，兵锋指向了时下已经被大中朝控制的南昌府，石冉已经调集南部留守兵力，南下抚州府一带，去对付方国安这路人马了。
肖天健得知之后，下旨令兵部发令，令留镇湖广的罗汝才也调集湖广境内第三镇留守兵将，进击江西吉安府，从侧面牵制方国安所部，为石冉分担一下方国安所部此次北上的压力，总之北方此刻正是关键时刻，南方作为大后方，这个时候不能出什么大问题。
这也是肖天健这段时间没有能快速进兵到山海关的主要原因，太多事情牵扯到要让肖天健分心，使得他不得不一边领兵作战，还要分心关注着后方的大事。
除了方国安率兵北上试图恢复明朝的地盘之外，李自成那边也不消停，肖天健处理李自成称帝之事，不太明智，导致了李自成彻底和他们大中朝反目成仇，先是试图进攻河南，但是却在潼关被范胜所败，吃了