州等地被刑天军攻占之后，从南直隶和浙江等地朝京师方向发送物资的漕船全部都停止了下来，大批漕船的船民和漕船要么被刑天军控制，要么就主动投降刑天军转而开始向肖天健效力。
如此一来，北方一带不管是财政还是粮食，都开始出现巨大的缺口，要知道大明王朝在朱棣迁都北京之后，财政和粮食的耗度南直隶和浙江就占了六成左右，现如今漕运被刑天军断绝，可想而知大明朝廷立即便陷入到了巨大的恐慌之中。
京师之中自从南直隶开战之后，便接到的漕船越来越少，后来到了崇祯十三年十月之后，更是漕船断绝，仅能从德州、徐州、淮安、临清等漕粮仓库之中将一些陈粮调运到京师之中使用，一时间北方到了年底的时候，便出现了大面积的粮荒，当官的、勋贵们有钱，便拿钱抢购粮食储存起来，但是老百姓也没有多少粮食，京辅之地和山东又连遭建奴入寇，整个北方残破不堪，百姓人口也大减，大批百姓不是南逃就是被建奴掳为奴隶押赴到了关外，许多地方出现了数十里无人烟的情况，想要征粮也没地方争去。
缺粮的影响是非常巨大的，北方的官军这个时候还有不少，这十几万官军也要吃饭，朝廷拨不下来，他们便自行去抢，老百姓的日子便更苦了许多，