，其掌管、制作印玺的职责，转入内廷。
内阁首相、枢密使、最高法院首席法官、都察院左都御史四人，是大明大臣的顶端，俱为正一品。
副相、枢密副使。次席法官和右都御史为从一品。
新成立的各部尚书、总局局长，政治学院院长，锦衣卫指挥使，皇家银行行长等，均为正二品。
按照朱由栋的旨意，在中央政府各部门完成重整后，大明境内的各省、区，以及省下面的州府，除外交、国防、民族事务、干部培训、国家情报等部门外，其他的，均要按照中央政府新部门的设置，在地方政府里设置相应的部门。
至于县级政府，限于这个时代的社会发展水平，倒是暂时不用把相应的部门全都也跟着设置齐全。但是县衙里也要设置相应人员来对接上级政府各厅局的工作。
在这一整套政府架构设置完成后。朱由栋又下了一道圣旨：新机构设置完成后，逐步废除吏、役，改以全面公务员制度。从天启十三年开始，国家不再有所谓的科举，而改以中央政府公务员考试和地方公务员考试！
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