了宣德年间，面对恢复了元气的蒙古，明朝政府就不得不在陕西、山西设置常任总兵——这是明朝军镇制度的发端。
到了嘉靖年间，倭寇肆虐东南沿海，几十个卫所一片糜烂，完全无法有效抵御倭寇。明朝政府不得已在东南沿海也推行军镇制度。
所谓军镇，其兵源，一部分来自卫所兵，一部分来自招募。军镇兵和卫所兵最大的区别是：卫所兵是自带干粮去打仗，而军镇兵国家是要发军饷的。而且军镇的各级军官：守备、都司、游击、参将、副将、总兵等。其将领是常设的。
这样做，战斗力是提高了，但是国家的负担也增加了，同时，也容易形成兵为将有的局面。
（附带说一句，天启年间，由于东北局势越来越恶劣，国家财政越来越吃紧，九千岁为了收支平衡，就把东南方的军镇给取消了。然后这些军镇里的精兵悍将全都去做了海盗，成就了郑芝龙的威名。）
总体而言，现在的大明，是军镇与卫所制度并存的。一般情况下，军镇兵比卫所兵的战斗力要强一些。
但是卫所兵也有例外，比如石柱的白杆兵。
但是不管怎样的强兵，总是要吃饭的。在持续长时间的强行军中，更要吃饭。