在朱由检的构想中，未来不管是理工学院还是其他类型的高等大学，都将会以超然的方式存在，朝廷相关衙门仅对其具有指导作用，而不是约束和管辖作用。
有事大家可以坐下来谈，相关衙门可以提出某方面的意见和建议，但在学术问题上，还是要大学自己说了算。
大学就是研究和讨论学术的地方，是一块净土，一旦被权势侵袭，那就会逐渐失去它最初的意义。
理工学院祭酒都将是礼部尚书级，将来其他大学也会依照此例，但级别可能不会这么高。
朱由检并没有打算让方以智从政。
大明不缺官员，但方以智这样的人才却是极其稀缺，如果让他从政，那大明最多就是多一个贤臣，却会失去一位能够培养大批人才的良师。
另一位名人朱舜水（朱之瑜）已经在崇祯十一年被朱由检安排进了理工学院，现在的职务是人文学院的山长，职级为正五品。
对于这位博采众长的实用主义人物，用他的思想来影响和改变举子们陈旧的观念，这才是最为关键的。
朱舜水曾经专门对实用主义做过简单的阐述。
“所谓实用者，一曰有益于自己身心，二曰有益于社会。”
“为学之道