大明使团在马尼拉足足修整了二十天，等到全员身体和精神状态基本恢复后，方以智、郑芝凤方才与张文耀等人告别，拔锚起航后向大明返航而去。
崇祯十四年十一月初九日，船队在北海舰队派出的几艘战舰的护卫下抵达天津卫码头，在离开大明五年后终于回到了故土。
踏上码头的那一刻，自恃心志坚定的方以智也不禁双眼湿润，而随后下船的使团成员中，有的人则是放声大哭，但更多人则是欢呼和雀跃着，表达着对回到故乡的那种激动的心情。
十天之后，回到京师的方以智和郑芝凤奉诏入宫觐见，陪同他们一起入宫的还有温体仁、孙传庭、陈奇瑜以及礼部尚书邹维琏、鸿胪寺卿李进番等相关人员。
虽然朱由检已明令废除了叩首礼，但首次觐见天颜的方以智和郑芝凤，依旧是坚持着行了三跪九拜的大礼。
尤其是方以智，以一介白身直接被擢为礼部侍郎衔出使欧洲，这种天大的恩遇可以说是自古罕见，尤其是在他自知名气并不大的情形下，骤然有此荣耀加身，这种等同于再造的知遇之恩，是他无论如何都会感激涕零的。
“方卿、郑卿且起！
卿二人在明知前路吉凶未卜，甚至随时极有可能葬身鱼腹之危时