察觉到随着权利的不断加大，锦衣卫中有人已开始逐渐膨胀的迹象后，朱由检断然对锦衣卫的职权做了重新划分：除了左都督、都指挥使骆养性以外，锦衣卫南北镇抚司镇抚使均加都指挥使衔，并且都有单独面圣的权利。
北镇抚司镇抚使由指挥佥事李若链兼任，南镇抚司则由指挥佥事黄涪兼任。
执掌锦衣卫内部军纪的南镇抚司可以在不经禀报的情形下，有权对都指挥使一下所有有违纪嫌疑的官校进行抓捕，然后将其犯罪证据整理后面呈皇帝，由皇帝进行最终裁决。
南镇抚司原先对卫内违纪违法的下层校尉力士仅有打军棍、关禁闭的权利，若是碰到有严重罪行的中层以上将官则无权处置，需堂上官才能最终裁定。
在这种世袭的团体中，能混上中层的将官哪个不是裙带遍布卫内？最后不管多大的事，在无数的人情面前都是不了了之。
朱由检这次特意加强了南镇抚司的权利，使原先边缘化的南镇抚司在锦衣卫内部迅速强势崛起，成了可与堂上官分庭抗礼的所在。
按照历代传下来的规矩，锦衣卫里只有都指挥使有单独面圣的权利，其他人只有在皇帝召见的情形下，才能在都指挥使的陪同下进宫面圣。这种形式在无形中加重了都指挥使