门直接任命麦克阿瑟五星上将为盟军最高统帅，负责安排和主持曰本投降仪式，并实施对曰本的占领。同盟国中无人提出异议，谁都知道，美国人是打败曰本小鬼子的主力，怎么安排那是美国人的事。但这种安排却引起了同样是五星上将的美国太平洋舰队司令的尼米兹的不满，相比美国的陆军，美国海军在太平洋战争中贡献更大。为挽回海军的面子，安抚他们那怒气冲冲的不满，海军部长福雷斯特向总统建议，既然签字议式在军舰“密苏里号”上进行，不妨让麦克阿瑟代表同盟国签字，而尼米兹海军上将则代表美国签字好了！这样双方的利益都照顾到了，也许问题也就解决了。杜鲁门同意了这一方案。
果然，海军对这个方案虽然感到还是不满但总算勉强接受了。但一波刚平另一波又起，麦克阿瑟坚决要求要在“密苏里号”上升起他的将旗，海军则坚决不同意。军舰上只能升起最高海军指挥官的将旗，由于尼米兹上将的到来，“密苏里号”原为哈尔西中将的旗舰，现在连哈尔西中将的将旗也降下了，只升起了尼米兹上将的将旗，凭什么在军舰上升起连游泳都不会的旱鸭子将军的将旗呢？况且按海军条例，一艘军舰只能升起一面将旗的，升陆军将领的将旗这决无先例。双方吵吵嚷嚷相持不下，最后双方各退