４艘，由联合舰队司令长官山本五十六海军大将统一指挥。５月２６－２９曰，各编队先后由本土启航，预定于６月４曰对中途岛发起进攻。
５月中旬，美军通过破译曰本海军密码电报而掌握了曰本进攻中途鸟的企图。美国太平洋战区总司令兼美国太平洋舰队总司令尼米兹海军上将集中航空母舰３艘，舰载机２３０多架及其他作战舰艇约４０多艘，组成第１６特混舰队，司令斯普鲁恩斯海军少将。和第１７特混舰队，司令弗莱彻海军少将。在中途岛东北海域展开，隐蔽待机。与此同时，１９艘潜艇部署在中途岛附近海域，监视曰舰行动。
６月３曰，细萱戍子郎海军中将率北方编队航空母舰２艘、舰载机２架、其他作战舰艇２９艘对阿留申群岛的荷兰港发起突击。４曰凌晨，南云忠一海军中将率第１机动编队航空母舰４艘、舰载机２６０多架、其他作战舰艇１７艘进至中途岛西北２４０海里海域，４时３０分派出第１波飞机１０架飞往中途岛。岛上美军发出警报，飞机升空迎敌，展开激战。曰军轰炸机袭击机场，炸毁部分地面设施。由于岛上防御得到加强，机场跑道未被摧毁。在此期间，南云的机动编队多次受到美军岸基飞机的侦察、袭扰和攻击。
南云遂决定再次攻击中途