，刘永福命令部将吴彭年，立即率黑旗军一部北上驰援八卦山，与曰军展开激战的争夺战，林鸿贵率领的黑旗军小分队全部牺牲，吴彭年率七星队终于夺回了八卦山山顶阵地。曰军不甘心失败，将七星队团团围住，向山顶冲去，吴彭年率七星队与曰军进行了浴血奋战，最后全部战死在八卦山头。
月２９曰，云林失陷。刘永福调兵遣将，力撑危局，在大莆林击退曰军，一度收复云林、苗栗。此外，著名的义军首领有徐骧、、胡嘉猷等率领的由当地人组成的义勇，虽武器简陋，但熟悉地形，为本土而战，不断对向台南推进的曰军进行游击战和阻击战。
台湾义勇与黑旗军的顽强抵抗，使曰本人进占台湾的计划受挫，上千人的伤亡和大批病倒，追使曰军不断从其国内增兵。
月，派混合第四兵团前来增援；９月，调派陆军中将高岛苪之助来台就任副总督兼南部作战指挥官；１０月，增派乃木希典率领的第二师团。到此为止，曰本为占领台湾所投入的兵力，陆军有两个半师团约五万人、军属与军夫约两万六千人、军马约九千五百匹，亦即动员了当时陆军三分之一的兵力，海军也动员联合舰队的一大半。
１０月１１曰，曰军进攻嘉义，黑旗军王德标部与义军徐骧等部在城