科主要向林哲提供所有和军队有关的建议。包括人事，具体战略战术，值得注意的是，该科的部门并没有任何现役军方将领任职，而是清一色的文官，之所以把军方人员派出出去。是因为林哲如果要军方将领向他提供任何军事建议的时候，直接通过统帅部就行了，用不着在秘书处设立一个单独的军务科。
军务科的存在，是让林哲从文官的角度来看待军事问题，因为很多时候，文官们对待一些战略军事问题的角度以及眼光和军方将领们的角度和眼光是完全不同的，而身为一个帝国的统治者，林哲需要来自不同角度的声音，如此才能够更好的做出相关决断。
比如说，某个时候军方内部打算举荐某个将领担任重要事务的时候，可能是因为这个将领有这个才华。但是如果是在军务部的那些文官眼里，将领自身的才华不才华都是不重要的，重要的是造成的各种政治影响，比如会不会影响军方内部派系的平衡，会不会打乱帝国的整体战略部署。
免的帝国需要和平发展的时候，却是任命了一个好战，喜欢私自做出的将领担任前线某部队的主官，这样一个搞不好挑起和外国的战争怎么办？
又比如帝国和某国矛盾频繁，或者干脆是国内矛盾太多，需要一场战争转移矛盾以及民