学目前一共开设有：物理科、化学科、机械科、数学科、国学科、自然科、司法科、财务科、农林科、工商科、医学科、外文科一共十一大学科。
每个科目下，还会详细分设其他课程，比如物理课程有力学、电学、光学等，医学课程有中医、外科、病理等，财务科有经济、税务等。工商有矿务、轻工、重工等科。国学科包括经学、六艺、史论、策论等，外文包括英文、法文、西班牙文、俄文等。
帝国大学的科目安排和国外的大学以及后世的大学都不太一样，目前没有建立专业的系、院、也没有什么学分制度，而学生更不是说归属某个学院或者系。
帝国大学的学生并没有说会分到某个系里，比如说物理系，化学系之类的，他们的课程选择也比较繁杂，刚开始阶段基本上是会接触到所有课程，第二年开始专修其中数门，一般来说学生往往需要同时学习三到五大科目，学习理工的就需要同时学习物理、化学、机械、数学。
而帝国大学的课程设立其实和帝国的政治体系有极大的关系，比如说其中的司法科、财务科、农林科、工商科完全就是效仿内阁各部而来。
而这些科目中，国学科的地位比较特殊，因为不管你要专修什么学科，但是国学是必修的。