总务司不仅仅管辖如今的诸多海关，同时还负责海关缉私，原来的商贸区江海巡警处中的大部分警员和船只都被调入海关总务司，以后稽查走私任务将会由海关总务司自行负责。
由于需要购买船只，维持一直规模庞大的稽查走私的船队，同时各海关的职员们普遍素质较高，洋人也非常多，所以薪资开销比较大！
军费百分之七十，财务经费百分之十二，海关经费百分之七，剩下的百分之十一则是被民政、外交、教育、工商等部门瓜分。
而原本属于较大开支的营造部分，也就是营建皇宫、各部办公大楼以及南京城市的维修经费，因为这些开支都是属于非常规开支，最开始的时候都是单独支出经费，由营造事务处统一负责。
其经费来源比较多种多样，其主要经费来源于中华军攻克南京时缴获的战利品，包括黄金白银等贵金属，同时还包括大量的不动产！
太平军占据南京时期，南京的人口从七八十万锐减到十五万，而且城内的诸多建筑也是被太平军征收，而无主的地产就更多了，中华军入城后，基本上把以前太平军占据以及无主的房屋全部抄没。
这些地产除了被当成办公机构外，也少极少数被林哲赏赐给了军方的中高级将领，要么是