考虑到手中的部队越来越多，林哲已经开始对余胜军的军制进行一定的改动。
其中最大的就是设立步兵师，林哲以第一混成团、第三混成团、第四混成团、第一骑兵团为基础，设立了第一步兵师，由林哲亲自担任师长，石琅翼担任参谋长。
上述三个混成团中的辎重营抽调出来，以三个辎重营组建新的第一辎重团。三个骑兵排也是被抽调出来编入第二骑兵团。各炮兵连也是被抽调出来，进而组建第一炮兵团。
辅助兵种被抽调合成后，上述三个混成团也是失去了单独作战的能力，演变为单纯的步兵团，各辖有三个步兵营。
辖有四个步兵团、一个辎重团、一个骑兵团、一个炮兵团，再加上师部等人员，总兵力大约在一万一千人。
这支几乎占据了余胜军半数主力的步兵师将会有林哲亲自担任师长并统帅，乃是林哲控制军权的重要一步。
而其他几支比较重要的混成团部队也是由林哲比较放心的将领率领，比如说第二混成团以及两个协防团的统帅就是林安飞，此人是林哲的族亲，忠诚方面还是可以的。
而第五混成团的新任统帅则是施清瑄，这个人眼中余胜军的利益也是高于清廷利益的。
其他的第六到第十混