这一次马尾海战中，输得最惨的当然是日本帝国了。
大日本帝国陆军联合舰队全军覆灭，日本数十个港口遇袭，日本的运兵船和运输船被毁，如果不是长崎的守备军队严防死守，恐怕如果长崎军站一旦被毁的话，日本根本无力回天了。
单单就这次战斗而言，日本损失的金额总数就是甲午中国赔款总数的三倍，其中联合舰队的损失其实并不算是大头，反而是被中国人炸毁日本海军总部横须贺海军基地以及被俄国人炸毁的佐世保海军基地让日本海军几乎没有了落脚之地，而最后李准的炮击东京并引发东京大火，可以说是神来之笔。
李准没有想到的是，这次炮击东京会引发东京的大火，比起历史上1923年由于日本关东大地震而引发的东京大火来说，这一次的东京大火似乎是提前进行了预演，给日本人提了醒——算是间接帮助了日本人了吧。
东京的大火从岸边开始燃烧起来，借着三月份太平洋的海风，朝着市区内燃烧了过去。在日本这种国家里，最害怕的不是地震，反倒是火灾。由于日本是地震带国家，所以日本人在建造房屋的时候多采用木制和茅草制造的房屋，这样做的原因一是成本低廉不像砖石结构那么复杂花费多，二是安全不至于房屋