部制，曹跃依旧是名正言顺的宰相，副宰相便是张之洞。
朝廷也给与辞职致仕的李鸿章以隆重的待遇，只是养廉银子就给了他二十万两，更别说爵位了，想什么黄马褂之类的根本拿不出手。李鸿章是风风火火地走了，但留下来李经述与李经方，李经方出任鸿胪寺少卿，李经述人军机处章京，李鸿章手下重要幕僚杨士琦担任军机章京，而鸿胪寺卿则由宋育仁出任，主管与各国外交。
原来在外交部下的外交部发言人辜鸿铭以及外交部国宣司杨度，则被曹跃提拔为了军机章京。
为了安抚张之洞的手下和幕僚们，曹跃也提拔了张之洞的一些嫡系，如吴殿英被任命为兵部右侍郎，赵凤昌为工部左侍郎，梁鼎芬担任军机章京。
由于前一段时间的大审判，导致大理寺名声大震，在刑部已经隐隐约约有第一部门的意思，曹跃有意将大理寺单独提出来设与军机处之下，算是给高等法院一个特权。将来也好为曹跃铲除全国帝党与后党官员做准备，毕竟大清官吏无官不贪，一抓一个准。而大理寺直接隶属于军机处受曹跃的管辖外，为了配合大理寺，需要建立一个负责抓捕的衙门，曹跃将其称之为六扇门。
原来六扇门这个名字只是大理寺、御史台和督察院