二十二日早七时，经过充分休整和准备的清军向澎湖郑军发起总攻。
在经过九小时激战，清军取得全面胜利，共毙伤郑军官兵1.2万人，俘获5000余人。他们击毁、缴获郑军战船190余艘。
郑军主将刘国轩乘小船从北面的吼门逃往台湾。
施琅又一面加紧军事行动，一面对占据台湾的郑氏集团施以招抚。
在施琅大军压境之下，郑克塽茫然地说：“现在台湾人心风声鹤唳，继续守卫台湾恐怕右边啊；士卒满目疮痍，再战下去恐怕难以取胜。还是应当请降，以免今后追悔莫及。”
刘国轩也劝告郑克塽投降。
八月十三日，施琅率领舟师到达台湾，刘国轩等带领文武官员军前往迎接。
施琅入台之后，主动前去祭郑成功之庙，对郑氏父子经营台湾的功绩作了高度的评价，并称郑氏收复台湾是为国为民尽职的举动，对郑成功毫无怨仇。
他祭祀完成之后，哽不成声，热泪纵横。
之后，施琅上疏力主留台卫台。
清朝东阁大学士黄锡衮的支持下，施琅的意见打动了康熙帝和朝中大臣，清廷终于决定在台湾设府县管理，屯兵戍守。
自此，