成功命令士兵立栅栏、设炮台，加强对七鲲鯓的防守，同时令杨英、何廷斌以粟6000石、糖3000石补给军队。
自四月初以来，双方一直进行着零星战斗。
郑成功一方面积极准备攻城，一方面于四月十二日和二十二日，两次写信给揆一，令其投降。又调集28门大炮，于二十四日凌晨摧毁了台湾城大部分胸墙。
荷军于城上集中枪炮还击，并出城抢夺郑军大炮，被郑军弓箭手击退。
郑成功鉴于台湾城城池坚固，强攻一时难以得手，为了减少伤亡，进一步做好准备，决定采既“围困俟其自降”的方针。
他一方面派遣提督马信率兵扎营台湾街围困荷军，一方面把各镇兵力分驻各地屯垦。同时，郑成功还到高山族人民聚居的四大社，分别是新港、目加溜湾.肖垅、麻豆，进行巡视，受到当地人民的热烈欢迎。
五月二日，郑军第二梯队6000人在黄安等将领的率领下，乘船20艘抵达台湾。
郑军的兵力得到加强，供给得到补充后，从五月五日开始，在所有通向城堡的街道上都筑起防栅，并挖了一条很宽的壕沟，围困荷军。
郑成功又三次写信劝揆一投降。
揆一仍