使清军有了喘息之机。
战局出现了意外情况——瘟疫！
是的，崇祯皇帝也是因为鼠疫，导致京城被李自成攻破。如今，李定国又遇到了同样的命运。
李定国的大西军遭受瘟疫之后，士气不振，处于不利的境地。
十二月，尚可喜、耿继茂及清廷靖南将军朱玛喇率十万满汉兵赶来，清军以铁骑兵冲垮李定国左军。
李定国依恃的战象也被惊散，致使大西军全线崩溃。
清军乘胜追杀二十里，尸横遍野。
李定国只得渡横江焚浮桥解新会之围。
李定国撤出新会后，沿途六、七十万百姓跟随撤退，李定国安抚百姓跟随大军撤退，连夜退走南宁。
从此，广东高、雷、廉三府，肇庆、罗定所属三州十八县及广西横州、郁林一带全部沦入清军之手，广东义师也随之失败。
新会惨败，从主观上讲，与李定国的骄傲轻敌不无关系；从客观上讲，郑成功此时正与清廷议和，拖延了援粤之师，等十二月议和失败，郑成功才派林察率舟师赴粤，李定国早已败退，贻误了战机。
同时，孙可望又切断了滇黔的物资援助，这一切终于导致了新会之战的失败。