遭袭击的讯息；原本他仍坚持继续南下勤王，但终因上下将士思归，哭声遍闻，乃不得已班师回厦门。
他收复厦门后，追究起责任，将怯战以逃的叔父郑芝莞斩首；而放走马得功的郑鸿逵则交出兵权、自请退隐东石镇白沙，不再过问政事。
同年五月，郑鸿逵麾下大将施琅因叛变事泄，擅自处决郑成功部将曾德。
郑成功以此为由，欲诛施琅全家。
施琅虽在友人帮助下逃脱，但父亲、胞弟均被处死。
从此，施琅与郑成功结下大仇，决定降清。
后来，正是施琅的带领下，满清成功攻破台湾，维护了两岸统一。
公元1651年下半年，郑军在闽南小盈岭、海澄等地战斗，获得了磁灶战役、钱山战役和小盈岭战役的胜利，克复平和、漳浦、诏安、南靖等地。年底，包括定西侯张名振等人皆来投靠，使郑军的声势愈形高涨。
公元1652年正月，清海澄守将赫文兴向郑成功投降。
二月，郑军攻长泰，清朝派遣陈锦率大军前往救援；两军于江东桥展开大战。郑成功仗着对闽南地形较为熟识，在江东桥附近安排了许多伏兵，大败陈锦，歼灭多数清军，取得江东桥战役的胜利。