攻克浦城、霞浦；隆武帝出奔江西，在汀州遭清军俘虏，之后绝食不屈而亡。
南明帝系旋由桂王朱由榔继承，改元“永历”。
隆武政权灭亡后，郑成功避走金门，然后开始于沿海各地招兵买马、收编郑芝龙旧部，更在南澳募集了数千兵力。
公元1647年七月，郑成功会同郑彩部队攻打海澄，失败；八月，郑成功又与郑鸿逵部合围泉州府城，清漳州副将王进率援军至，郑军不敌败退。
公元1648年，南明浙江巡抚卢若腾等人来归，郑成功蓄积实力后再次出击，攻克同安县。五月，郑军围攻泉州；七月，清朝靖南将军陈泰、浙闽总督陈锦、福建提督赵国祚等转而攻击同安，郑军不敌，守将、军民死伤无数。不久，清朝援军抵达泉州，郑成功乃解泉州之围，怆然退回海上。
同年，清朝江西总兵金声桓、王得仁于江西起兵反清，清朝广东提督李成栋亦投向永历政权，使反清复明的声势一时大涨；只可惜各方反清势力在彼此没有默契、各自为政的情况下，大多沦为地方性的抗争。不久后，清廷压制了江西的金声桓、王得仁势力；广东李成栋军亦于次年灭亡。
公元1649年，郑成功改奉永历年号为正朔；