满桂移驻前屯，三屯孙祖寿移往山海关，宣府黑云龙移往一片石，蓟辽总督阎鸣泰移到关城，又调动昌平、天津、保定的部队奔赴上关；传檄山西、河南、山东等地的守将整备好兵马听候调遣。
尤世禄刚要整备出发，后金军又分兵来攻宁远，袁崇焕与刘应坤、毕自肃率将士登上城楼防守，在濠沟内排列阵营，用炮远距离轰击。而满桂、尤世禄、祖大寿在城外与后金军搏战，死伤比较多，满桂也中箭负伤。
后金军从宁远撤退后增加锦州的攻势，但仍旧无法攻克，而且伤亡惨重，六月，后金军撤兵，史称“宁锦大捷”。
宁锦之战后，满桂、赵率教等人都得到了应有的赏赐，但袁崇焕却因为魏忠贤让他的党羽弹劾袁崇焕不救援锦州，论功行赏时，只给袁崇焕增加一级官阶。
尚书霍维华为此感到不平，上疏乞求辞去荫袭子孙的赏赐，但魏忠贤不许。
七月，气愤的袁崇焕辞官回乡。
明廷以王之臣接替袁崇焕为督师兼任辽东巡抚，驻扎宁远。
袁崇焕轻易辞职，这也体现了他容易冲动的一面。