一是建立了臭名昭著的西厂。
成化十三年，公元1477年，朱见深在西城灵济宫前面的一家灰厂内，建立了西厂，专门用来监督官员和百姓。
西厂的特务人数，在当时比东厂要多出一倍。东厂的太监尚铭，也不得不俯首听命于汪直。
这样一来，西厂气焰非常嚣张，成立的当年就连兴大狱，逮捕了郎中武清、乐章、太医院院判蒋宗武、行人张廷纲、浙江布政使刘福、左通政方贤。
明代各省的左、右布政使是从二品，品秩相当高，然而，西厂却可以不经皇帝同意就擅自抄捕。
朱见深成立的西厂，一方面是扩大了明代特务的职能与侦察范围，侦察的地点不限于都城、地方，而遍及南北边腹各地，这是此前的东厂所没有的；另一方面，朱见深之设西厂，无疑加强了皇帝对于特务组织的偏爱心理。后来的武宗，也就是宪宗的孙子，就效仿他祖父的做法，非但重建西厂，又增设了内行厂。特务组织的存在，使原本属于厮役之流的旗尉，得以肆意凌辱大臣，对百官和百姓来说，都是一种摧残。
第二弊端是皇庄。
从明代中期设立皇庄，到明代后期派太监充矿监、税监，目的都是为皇室搜集更多的钱财来满足宫