人数以千计，周王、晋王等藩王也这样上言，于是，王振无奈，只得再命于谦为巡抚。
这时的山东、陕西流民到河南求食的，有二十余万人，于谦见了，当下请求发放河南、怀庆两府积储的粟米救济。他又奏请令布政使年富安抚召集这些人，给他们田、牛和种子，由里老监督管理。
此后，于谦在巡抚的职务上，前后在任共十九年。
正统十三年，公元1448年，于谦被召回京，任兵部左侍郎。
正统十四年，公元1449年七月，也先大举进犯，王振怂恿朱祁镇亲征。
于谦极力劝谏，但朱祁镇不听。不过，朱祁镇还是很信任于谦，留他主持兵部的工作。
再之后，就发生了土木堡之变。
一时间，京师大为震惊，大家都不知道该怎么办。
朱祁钰监国，便命令群臣讨论作战和防守的方略。
侍讲徐有贞说星象有变化，应当迁都南京。
于谦厉声说：“提议南迁的人应当斩首！京师是天下根本，只要一动便大事去矣。难道不见宋朝南渡的故事吗？”他力主抗战，得到吏部尚书王直、内阁学士陈循等爱国官员的支持。
朱祁钰肯定了他的说法