子只授给九品京官，成为法定制度。
这一事，可见吕蒙正的正派作风，完全没有私心。
不过，为人处世再厉害，也会遇到挫折。
淳化年间，左正言宋沆上奏疏违逆皇上旨意，得罪了皇帝，而宋沆正是吕蒙正妻子的族人，也就是吕蒙正的人了！
吕蒙正因此被免去吏部尚书一职，皇帝重新任用李昉为宰相，吕蒙正受到了打压。
他在此期间，兢兢业业，没有抱怨，勤于职守，终于被他熬来了春天。
淳化四年，公元993年。
李昉被罢免宰相职务，吕蒙正又以本官任宰相。
他与赵匡义奏对时，谈到征伐之事，赵匡义说：“朕近来的征讨，是为百姓剪除凶暴，如果好功黩武，那么天下百姓都灭尽了啊。”
吕蒙正回答说：“隋、唐数十年中，四次征讨辽碣，百姓疲乏不堪。隋炀帝全军覆没，唐太宗运去土木攻城，这样都最终没有成功，况且治理国家的重点，在于国内勤修政事，那么远方之人必来归服，自然会得到安宁。”
赵匡义同意他的意见，注意休养生息，改善百姓的生活。
宋真宗赵恒即位后，进迁吕蒙正为左仆射。