幕府。
自此，杜如晦跟随李世民，常常参与军事机密。当时政多变故，杜如晦裁决处理事情毫无滞留，同僚一致公认他的才干，无人见出他才能的限度。
李世民提升他为陕东道大行台司勋郎中，封为建平县男，兼文学馆学士。天策府建立后，他任郎中。
之后，他与房玄龄参与了李世民的玄武门事变，替李世民夺取了权力。
李世民立为皇太子后，他被授职左庶子，升为兵部尚书，晋封为蔡国公，食邑三千户，另有益州食邑一千三百户。
不久，任检校郎中，代理吏部尚书，总领东宫禁军，晋位为尚书右仆射，仍兼任吏部职务。
杜如晦与房玄龄共掌朝政，举荐贤能之士，降级使用不贤者，都各得其职。
一个人，只要有了较高了地位了，就有人妒忌，就有人想拉他下来。杜如晦也遇到这样的情况。
监察御史陈师合看不惯杜如晦，当下呈献《拔士论》，称一个人不可统管数职，暗中讽喻杜如晦等人。
李世民看了之后，说：“玄龄、如晦不是以有功旧臣的身份提拔的，仅因其才能参与治理天下，师合想以此离间我们君臣吗？”当下将陈师合贬官至岭表。