摄政的话，他有可能叛乱。
侍中王坦之却据理力争，说天下不是司马昱的天下，而是司马懿和司马睿的天下，不该擅自主张，让桓温摄政。
司马昱听了，同意将遗诏中的“摄政”改为“辅政”，依照诸葛亮、王导旧例。
不久，司马昱驾崩。
桓温原以为司马昱临死会禅位给自己，或让自己摄政，而今听闻只是辅政，大失所望，怨愤不已。
司马昱驾崩后，群臣惧于桓温，不敢拥立太子，都认为应请桓温决定。尚书仆射王彪之极力反对，太子司马曜方才得以继位，是为晋孝武帝。
宁康元年（公元373年）二月，桓温对于皇帝不是由他来立，非常不爽，当下带兵入朝，拜谒皇陵。
当时，京中流言四起，都说他此次入京是要诛除王谢、颠覆晋朝。
朝廷命谢安、王坦之率百官到新亭迎接，拜于道侧，朝中位望稍高者皆惊慌失措。
桓温此次入京，自然有他的目的了，只是他没有说出来，要不谋求摄政，要不再次废帝。只是，上天没有给他这个机会了，因为，他得病了。
桓温知道在京得病的危险，当下领兵回到姑孰了。
他回去之后，病渐