氧化成硝酸，而这一反应被称为硝化反应。这个反应由两种不同的细菌所进行。
说完了微生物原理和化学反应，托德接下来要做的就是，制定微生物制硝的具体流程。
第一步，首先准备一块试验田当做培养皿，将亚硝酸菌及硝酸菌进行细菌繁殖。
第二步，准备微生物制硝的原料，准备大量人畜粪尿或者富含氮元素的腐烂鱼虾，静置反应将会生成大量的铵。
第三步，建造一个硝池，底层用水泥密封砌成。池子的内部用膨松的黏土和细沙混合铺底，适当的混入一些弱碱性的灰分。（因为硝化细菌不能在酸性环境下存活），再将试验田中的细菌培养土移栽过来，定期松土以保证土质透气性。
第四步，搭盖顶棚，且不能透光，亚硝酸菌对紫外线的可见光非常敏感，阳光中的紫外线会对细菌产生致命的伤害。
第五步，根据外部环境的温度，适时地调节池子内的温度，保证常温25度左右，因为温度过高或者过低，都会对硝化细菌种群的细胞分裂繁殖造成影响。
第六步，将原料（腐烂鱼虾和人畜粪尿等），加水稀释经由专门的管道喷洒在膨松的黏土细沙中。
第七步，定期在膨松的土质上撒