生活本该再次恢复平静，然而教皇之子西泽尔·波吉亚，同时也是一名圣殿骑士，他带人攻破了艾吉奥与他叔叔马里奥的庄园，在保护镇民撤退过程中，叔叔马里奥惨死，艾吉奥也只能勉强从中逃出来，逃往罗马。
西泽尔·波吉亚不仅仅觊觎“伊甸园碎片”，同时也谋划着推翻他的父亲来获得权利，是一个为达目的不择手段之人，而想要与这位野心勃勃的西泽尔·波吉亚领导的圣殿骑士对抗，唯一的出路只有重新振兴兄弟会。
而另一边，《刺客信条兄弟会》中，现代篇的线路也有了显著的进展，譬如说他们的藏身之处便是在马里奥遗留下来的庄园中，同时现代篇加入了对主角戴斯蒙的虚拟训练。
而这个时候，现实中的戴斯蒙也已经学会了包括“鹰眼”、“信仰之跃”在内的大部分祖先所拥有的刺客技巧。
虚拟训练可以训练很多原本只能在游戏过程中应用的战斗技巧。
伊琳娜此时显然已经通过了游戏的序章部分，眼前依旧是一片银灰色的记忆区块，她很快便看到，有各种战斗技巧训练的选择项，譬如防反，还有各种武器的使用技巧，袖剑刺杀技巧与连杀技巧。
连杀是新加入的技巧，它要求对任何一个目标都做