整个故事的主线，也逐渐明朗，当母体诞生时，出现了一个能够随意让母体随着他的意志而改变的人（黑客）。
除了人类最后的城市锡安外，从母体诞生的少数人类，都是被他所释放的。
他死后，先知曾预言他会归来，并带领人类走出矩阵，重获自由。
接下来的剧情其实很简单了，恢复、强化，并且熟悉如何在矩阵中，让自己以此为基础变得更强。
如何利用矩阵中的规则，显然与现实是不同的，特警可以随意借用矩阵中任何一个人类的身体，将其变为自己，甚至可以完美地利用矩阵中的规则，在矩阵中，他们几乎可以媲美神明。
不死、化身万千、改变规则、操控时间，各种让人匪夷所思的能力，一切的一切，都能办到。
人类进入矩阵，所有遇到特警的，基本上都死了，解放人类之路，显然极为艰难。
而他们又需要进入其中，先拯救人的意识，才能拯救人的肉身，否则只能是一具没有意识的躯壳。
看到这里，基本上整个电影的世界观也在所有观众脑海中有了个雏形：对于他们这些修士武者来说，这些人就是一群科技树点偏了，全程发展法器，却不进化自身的群体，这个